加强农村环境保护是国家环保总局适应环境保护工作形势的需要做出的重要决定，是进一步深入贯彻落实科学发展观的具体行动，是全面推行以保护环境优化经济增长战略的重大举措。
农村问题历来是我国经济社会建设中的重要问题、难点问题和焦点问题。要实现经济社会的可持续发展，全面建设小康社会和社会主义和谐社会，抓好农村建设是一个无法回避也不容回避的关键环节。惟有将农村经济从传统的粗放型增长方式中摆脱出来，将农业生产从高风险的自身污染中解放出来，将农民生活从”脏乱差”的状态中解脱出来，才能从根本上改善农村面貌，提高农业发展水平和农民生活质量，在科学发展的轨道上实现农业增产、农民增收和农村富裕。保护好农村生态环境，是实现农业可持续发展的重要手段，是提高农村经济发展质量的重要依托，是改善农民生活水平的重要标志，是在广大农村地区建设资源节约型和环境友好型社会的重要保障。
当前，我国广大农村地区的环境问题日益严重。随着农村经济快速发展，农村生活污水、垃圾、农业生产及畜禽养殖废弃物排放量增大，许多环境问题日益凸现。相关调查表明，全国农村每年产生生活污水约80多亿吨，生活垃圾约1.2亿吨，大部分得不到有效处理；目前全国受污染的耕地约有1.5亿亩，占耕地总面积的1/10以上，其中多数集中在经济较发达地区。据估算，全国每年因重金属污染的粮食达1200万吨，造成的直接经济损失超过200亿元；约有3.2亿农村人口饮水不安全，其中1.9亿人的饮用水有害物质含量超标。饮用水源水质下降、畜禽养殖污染、农村面源污染以及工业企业和城市污染向农村加速转移等问题突出，使农村环境质量进一步恶化，不仅威胁着农民群众的身体健康，而且制约了农村经济的进一步发展，加强农村环境保护工作迫在眉睫。
加强农村环境保护工作，必须将保障饮水安全作为首要任务，突出污染防治，完善基础设施。水是广大农村生产生活的重要保障。在当前的农村环境污染中，水环境污染已成为首要的突出问题。要依法科学划定饮用水水源保护区，限期取缔保护区内的各类污染源，严格禁止工农业水污染物向水源保护区排放；加强农村环保基础设施建设，因地制宜地采取有效措施和手段，加快建设生活污水、垃圾处理设施，扩大生活污水和垃圾处理的覆盖面；加强水源水质监测，开展农村饮用水源水质调查与评估，为保护水源环境提供科学依据。
加强农村环境保护工作，必须将强化法制建设作为基础保障，加强立法工作，严格执法管理。要进一步加快农村环境保护立法工作，尽快建立和完善相关法律法规，填补农村环境保护的法律空白和盲点；制订一批农业生产、农村环境的规章和标准，进一步提高法律法规的可操作性；严格执行环境影响评价制度，从源头控制农业和乡镇企业生产过程中的环境污染；加强农村环境监管能力建设，设置农村环境保护机构，配备必要的人员和设备，实现对农村环境的动态监测、长期监管并形成农村环境保护工作的长效机制。
加强农村环境保护工作，必须将农村经济结构调整作为重要手段，控制点源污染，强化面源防治。要按照功能区划的要求，严格各类在农村建设的工业园区的审批和管理，严禁建设不符合功能区要求的园区和项目；严防城市污染向农村转移，通过环境影响评价等环境管理制度和手段，杜绝不符合国家产业政策的落后工艺和项目转移农村，坚决取缔”十五小”等高消耗、重污染企业；对畜禽养殖企业加强管理和指导，严格执行环境影响评价和”三同时”制度，鼓励生态养殖和养殖小区建设，确保污染物稳定达标排放；通过法律、经济、技术和必要的行政手段，鼓励和引导农民采取生态农业生产方式，合理使用化肥农药，积极推广使用有机肥和高效、低毒、低残留农药，防治土壤污染，发展生态农业。
农村环境保护是我国环保工作中的薄弱环节，加强农村环保工作百业待兴。各级政府要切实提高思想认识，增强保护农村环境的紧迫感，加强领导，加大投入，建立农村环境保护责任制，定期进行考核。要以科学技术为支撑，以典型示范为引导，以队伍建设为保障，以宣传教育为先锋，引导农民切实转变传统的生产生活方式，实现农村经济社会的可持续发展，将我国广大农村地区建设成为生产发展、生态良好、人民富裕的社会主义新农村。
